Hola,
Es el funcionamiento normal de AutoDeploy, el cual está pensado despliegues grandes y rápidos y para servidores sin disco que cuando arrancan vía red reciben la imagen desde el servidor TFTP y esta se instala en memoria y se pierde cuando se apagan los hosts. Por este mismo motivo es recomendable configurar estos hosts para que envíen los logs al vCenter y evitar que se pierdan por si los necesitamos.
Si quieres instalarlos en disco tendrás que usar la instalación normal con CD o ISOS y luego en todo caso aplicarles la configuración a través de los Host Profiles.
Un saludo,